まず直前に話題にもなってた黒色問題があるよね。
グラフィックには高確率で黒を使う。背景なしだと、黒が自由に使える。ありだと背景と黒を別々の色にする必要があり、色数制限の中一色持っていかれる。
すべての敵に背景をつけたデザインにする必要があるなら、単色でなければ出る背景もほぼ固定になる。
これらはグラフィックのデザインの問題で、技術は無関係。色数が一色減るだけだ。

技術的な部分は、ダメージを与えたり倒したときの背景を書き換える演出部分。
単色なら恐らく早い。透明にするならさらに早いかもしれない。後ろにあるべき背景に書き換えるとなると、時間がかかりそうだ。