S99のやつはその通り、それ以降に手に入れた階層報酬は手に入らなくなる
オーラ中ボスの件は、オーラ中ボスは倒すと階層クリアで手に入るコモンS2つの内一つが紫に変化するので
オーラ自体が落とすSと合わせて2つ紫手に入ってるというわけ。Sの数が1しか増えないのはそういう事
ちなみにアルテナの祈りは効果が出た時はちゃんとリザルトで増えてる。もちろん99越えてたら無意味だが