・運を上げすぎると欲しくない宝石が手に入りやすくなる為、高値で売れる虫が手に入りにくくなる
・耐力の香も運を上げすぎると入手確率が下がる
という現象についてです

真女神転生3で、レベルを上げ過ぎると攻撃魔法の威力が逆に下がる
という「魔法威力減退」等と呼ばれる現象と少し似ているかなと思います
魔法威力減退のほうは、ゲームバランスを考えたものと理解するのがいいのかもしれません
ただ、最初から素直にレベルが低ければ攻撃魔法の威力もそれに伴って低くなるように設定しておけば問題ないはずが、なぜかこういう仕様なのです

ライドウでの運を上げ過ぎると、逆にいい道具が拾いづらくなる、というのは、罠といえば罠なのかなと思います

参考
真女神転生3 魔法威力減退
https://www16.atwiki.jp/noctan/sp/pages/85.html