パイプのサイズが常に決まっているなら
リーマー通した方が早そうだなぁ

傾向として直径の小さい穴はより小さくなるんで
単純にこのぐらい大きくすれば良いというのは
いいずらいよね。
あらかじめ5ミリ刻みで穴を10個ぐらいプリントして
実寸との差をグラフ化、その数値で
モデリング時に補正するぐらいしか思いつかん。