Folding@Homeで難病解明 Part17【FAH】
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1名無しさん2020/11/07(土) 16:25:03.340
Folding@homeは、タンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(folding)を
シミュレートし解明する分散コンピューティングプロジェクトです。
アルツハイマー、がん、狂牛病、パーキンソン病などはタンパク質の異常なfoldingが
原因と考えられており、foldingを解明することはこれらの疾患の解明につながります。
みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質のfoldingという複雑な問題を解明しましょう。
現在、新型コロナウイルスに対抗するための解析を重点的に行っています。
■前スレ
Folding@Homeで難病解明 Part15【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1604733903/
Folding@Homeで難病解明 Part16【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1613357806/
■当スレッドのチーム
チーム名 ：Team 2ch
チーム番号：162
https://stats.foldingathome.org/team/162
まとめWiki
https://team2ch.net/
■Folding@Home公式
https://foldingathome.org/ PPDあげるならCuda搭載GPUがいいんじゃないかな？
でも癌とかってCPUの方しか落ちてこなくない？
やたら俺の所はGPUにはinfluenzaとかAlzheimerばかり
俺は癌を指定しているけど 特定のはCPUしか計算出来ないのもあるのかな？ プロジェクトの一覧が次のページで見られる。core列が 0xa で始まるものはCPUタイプ、0x2 はGPUタイプで、比率は(目視で) 8:2 でCPUがずっと多い。
あいにく、どのプロジェクトが活動中かや、どの疾患に対応するかはこの表では分からないので、参考程度にしかならないが。
https://apps.foldingathome.org/psummary Timeout15days、Deadline20daysなのに、BaseCreditがたったの1510のプロジェクトもあるんだな。
超低スペックマシン用なのか？
うちにも他の数字のがよく来てるテンプル大学のヒゲ面の博士のプロジェクトのようだが。 >>953
ナイス情報Thanks👍
そんなページがあったなんて知らなかったわ >>955
Folding@homeの公式サイトにこの「活動中のプロジェクト」のリンクがある。次のように2度クリックすればたどり着けるよ。
トップページ ＞ Statistics (上部) ＞ Project Summary (updated hourly) (左部)
https://foldingathome.org/ 暖房を兼ねて１年ぶりに稼働させてみたのだが、1年前と違ってなかなかタスクが落ちてこない
これって正常かね？
(ちなみにlogには"Receive short response"と出ている) >>958
久しぶりだとなかなか落ちてこないかもしれん
pauseしてスタート繰り返しすると
カウントダウンが短縮されるみたい
一問さえ解けば次のどんどん落ちてくる気がする GPUﾒｲﾝで24h稼働していたけど
電気代が負担になり始めたので
CPUのみの稼働に昨夜から移行
ﾎﾞﾗﾝﾃｨｱとはいえ、毎月2万弱はちょっと懐にﾀﾞﾒｰｼﾞきますw >>960
下手にRTX3000番台複数枚で16時間とか回すより
12万くらいの4070ti2枚買って2台で8時間ずつ回して
空き時間シャンティでも遊んでた方が効率も精神的にも良さそう NVIDIAのビデオカード使ってないから分からないんだけど、
クロック落としたり電圧下げて使う事は出来ないものなの？
そうすれば性能ダウンと引き換えに消費電力は下げる事も出来るし、ワッパも改善すると思うけど。
俺はCPUは電圧だけ下げてるけど発熱と消費電力下がってファンの騒音も静かになったよ。 >>964
勿論自分はafterburnerで3070
パワーリミットかけて使ってるが
それでもGPUだけで170wとかだよ
3080tiとか複数枚長時間使ってたらかなり行くと思う
比較的4000番台は計算が早くて省エネなんよ 3080Tiなら400Wでブリブリですぜ（OCタイプ使用） 電気代が気になる向きにはラズパイがいいかも。多くても15Wしか消費しない。
ただしPPDは3500位で、1つのWUを処理するのに3日位かかることもあるが。
今あるPCを止めればゼロになってしまうが、3500でも動かしていればプロジェクトへの貢献は続くよ。 >>967
PPDをワット数で割ると、ワットパフォーマンスはあまり良くないね。
うちのPCは100W以上使うけどPPDは150000～200000くらいだから
ラズパイ PPD3500 / 15W = 1Wあたり233ポイント
うちのPC PPD150000 / 100W = 1Wあたり1500ポイント >>969
おっしゃるとおりで、ラズパイはFolding@homeに関する限りは効率的とはいえない。
モバイルPCのintel x64と比べても生のPPDは1/10位、W当たりでも1/3程度しか得られない。
なので、ラズパイは別の目的 (うちではNAS用) で使って、余力で FAH に参加する人が多いそうだよ。 東京電力、６月から３割値上げだってさ。
きついなあ 6月だと暖房代わりの季節も終わってF@Hは全く動かさない時期だが、
より消費電力の低いPC構成にしない限り次の秋冬は動かさないかも。 ttps://folding.lar.systems/gpu_ppd/overall_ranksで4070tiの方がスコア良いな？
passmarkやcuda数比較すると4080がこんな感じになるはずがない気がするんだが…
3060tiLHRも逆転現象起こしてるし良くわからんわ4070tiポチった方が良いんか？ >>975
3060無印と3070（2年使用）だよ
どっちか一個外す予定だけど3060は保証3年なのに半年も
使って無いや…オクやらんし放置すると壊れそうだし誰かここの
堅実に8-12h/日程度回してる住人に使ってもらいたい気持ち… >>976
その両方を売って4070Tiへステッポアッポ
背中を向けなされ
後ろからドロップキックを食らわせてあげるから >>978
お気遣いありがとう
圧倒的に差があるハイエンドは無理だけど遅かれ早かれ
40番台に交換すると思うよ
オクだと使った3070でも5万近くで売れるんだな信じられんわ
挑戦してみようかなぁ（消極的 4060tiが3070並という話だが4070tiとの性能差がありすぎ感 結構中堅GPU買い換え続けてるけどゲームは結局ps5だわ
別にゲーム中にpcのf@h回してるわけでも無いんだけど
今sine mora exやってるが土蜘蛛に撥ねられて勝てない GPUに降って来るWUってmediumとfullの設定や
重いWUを優先的に受ける設定で違ったりするの？
貼ってあったGPUの効率表見るとあまりみたことない高効率のPPDがあって
全然自分のこなしてる問題と差が違っててびっくりしたわ cause preferenceの設定によっては差が出る可能性がある。
geforceの上位GPUであれば、現時点でアルツハイマーの課題が最もPPDが高くなりやすい。
ほかの設定はあまり関係ないと思う。
なお、folding.lar.systemsの一覧では、
すでに配布終了している課題が上位になっている場合が多い。 >>984
ありがとう
良く働いてくれたお気に入りのGPUを悲しいけれど
処分してきたがオクで売るより査定が良かった
人気機種だったのかなぁ
地道に4000版台への布石になったかもしれん
暫くは予備GPUの3060で頑張る 最近LHRの効率良くない3060（GA106）でも2,600,000出るWUとかきて
割と稼げる
時間はかかるけれど… 電気代も高いしGPUも高額でもう回してる人レアなのかな
マイニング流行ったあたりから人減ったね 禿げが治る解析があれば熱心なfolderに俺はなる？ 金も名誉ももらえるわけでもなく、F@Hのおかげで新薬や新しい治療法が開発されたという話も聞かずだと
ちょっと虚しくなる時はある。
本当にプロジェクトのとこに表示されてるものを回してるのかどうかもユーザー側では分からんし。
核兵器やら化学兵器やら生物兵器やらとんでもないものの研究を回していたとしても気が付かないし。 >>990
平気云々はちょっと怖くなってきた
実はマイニングの採掘させられてたら云々は
考えたことはあるが…
最近世間ではアルツハイマーの研究は進んでるみたいだねぇ エーザイの治療薬やね。
FAHの研究成果が各国に共有されてるのかね。 マイニングは資源の無駄で人類の黒歴史になると思ってる
モナコイン出来立ての頃は喜んでやってたけど笑 >>990
ほんと、そう思うわ
治療薬とな名ばかりで新たな毒とかって思いたくない信じたい
俺は癌に設定してる。
GPUだと癌が降りてきにくいんでCPUに全て変更 FAHの成果は分かりづらいよね。
それで、以前流行ったCOVID-19 Moonshotプロジェクトについて、今どうなったのか調べてみた。
結論としては、リード化合物（DNDI-651）が前臨床評価段階にあり、2024年のヒト試験を目指して取り組まれているそう。
上が古く、下が新しい。
2022/01/30
Moonshotから、化合物設計（18,000以上の設計）、結晶学的データ（500以上のリガンド結合X線構造）、アッセイデータ（10,000以上の測定）、合成分子（2,400以上の化合物）が公開された。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.29.339317v3
2022/11/10
候補化合物、DNDI-6510 が絞り込まれた。これはニルマトレルビル（ファイザー社の承認薬、パキロビッドパック）と一致する細胞活性を示した。
https://twitter.com/covid_moonshot/status/1590387715413282816
2022/03/30
塩野義製薬は候補分子S-217622（エンシトレルビル、商品名ゾコーバ）の開発に当たり、COVID moonshot projectと比較した。
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.2c00117
2022/11/08
リード化合物であるDNDI-651は現在、前臨床評価段階にあり、コンソーシアムは、2024年の最初のヒト試験に向けて取り組んでいる。
プロジェクトの発見科学データはすべてパブリックドメインで公開される予定。
https://dndi.org/research-development/portfolio/covid-moonshot/
ということで、Moonshotそのものの成果はまだ前臨床段階（研究室レベル）で、ヒト臨床試験はまだ先のようだけど、
他社の承認された薬剤との比較では性能的にも同等であるようだ。
ファイザーのパキロビッドパックの薬価は不明。塩野義のゾコーバは高額医薬品となる可能性がある。
Moonshotは、ビジネス性は分からないが、創薬プロジェクトとしては順調にいってると思う。
https://twitter.com/5chan_nel (5ch newer account) もう一つ間違い。DNDI-651 ⇒ DNDI-6510 >>995-997
なんか元気になる情報ありがとう。
基礎研究的なテーマって特定の疾患に依らないから、途中からAnyに変えてた。
どっかの研究者の何かの役にたってればそれでいいさ。 そうだね。FAHに参加して理解したのは、創薬のプロセスはすごく複雑で、
FAH等の分子シミュレーションはその一部でしかないこと。
だからといって意味がない訳じゃなくて、Moonshotでの最大の成果は、
候補薬を見つけるのに、従来の総当たり的な実験に変わって、
コンピュータ内でそれを行えるようになったことで、
非常に高額だったコストを引き下げることへのメドがたったことだと思う。 このスレッドは１０００を超えました。
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