【V2 レトロスペクティブにみたビジュアル 39-2】
・there were two or three ... lying between ...:
釣り合いの取れた読み方。以下のように略式にまとめた方が表示上は見やすいでしょうか。
{two / or three} {small / but long} red islands ...
there is 構文に分詞が続くとthere is が弱まって、一方で分詞が単純な修飾語ではなく述語のように感じられてくると説明があります。
この説明は『英文解釈教室』にはありませんが、『英語構文詳解』p. 8にあります。
『英文解釈教室』をやる機会があったら、『英語構文詳解』を側に置いておくことを勧めます。

・But something was wrong: land mass and ocean had changed places:
had＋p.p. を見たら、過去のどの時間を基準にしての過去完了かを反射的に考えるように早くなりなさい、とおっしゃってます。
詳しくは『テーマ別』「構文と訳出」"過去完了"（p. 243）参照。
文法を一通り勉強したら、こういう"大局的な理解"も大事でしょう。
『チョイス組』の先生方の「仮定法の帰結節を見つけたら、if節に当たるものがどれかを探せ」と同じですね。"考え方"がとても大事。

・It wasn't Japan he was looking at:
前の版を書いているとき、ここの所をすっかり忘れていて、課題文を読んだとき頭の中が??となってしまいました。thatが省略できることの他に、
It was to George that he gave this ticket. ⇔ It was George that he gave this ticket to.
となる場合があるのだそうです。課題文はこの形だと説明されます。文法書を読んでもあまり書いてありませんよ（笑）。

・Japan was out on the edge somewhere:
これは【V2 21-3】(40スレ No. 478) の形と一緒。out= on the edge。