SSの半透明が使い難いのはバグではなく構造上の問題
簡単に言うとVDP1とVDP2が完全に独立している事に起因する現象
半透明スプライトは透過した下側にスプライトが来ればちゃんと半透明になるが
透過した下側にBGが来た場合半透明にならない、というもの