あとちゃんと申告しているなら税務調査の正しい終わり方は「更正」です
決して「修正申告」で終わらせてはいけません
こと税務調査に関しては調査官も税理士も信用してはいけません
税額と言うものは法律で決まっています
何が認められて何が認められないかは法律、或いは裁判官が決めるもので調査官に決定権はありません
よく税理士なんかが話し合いで税金が安くなったなんて話をしますが、税金と言うものは本当はそう言う話し合いで決めるものではありません
実際問題、調査官の法律に基づかない無茶な税額を正しただけ、或いは更正するのが面倒な調査官が更正するくらいならちょっと税金まけても修正申告して貰おうと言った類の話です
まけて貰えば確かに税金は安くなりますが、これは調査官が仕事を楽にするために手心を加える脱法行為です