お任せだから調教に違いが出てるのでは？
自分は調教漬けで引退させた馬をできる限り能力上げた状態に仕上げるために
10回くらい繰り返し調教したことあるけど
調教パターン同じなら調子の上がり具合で誤差はあれど全く同じ成長になったよ

あとは入厩時からの比較か2歳9月からの比較かにもよるのかな
入厩するまでに怪我とかしていればその分成長が遅れるって可能性もありそうな