マジコンが違法とされるのは、プロテクトを回避する違法コピーを助長するツールだから。
プロテクトがないSFCには関係ないというか、違法コピーのゲームが動かないような仕組み(ゲームフリークみたいに)にすれば法律上も問題ないと思う。