スプライトオーバーで完全に消え去らない様にスプライトのプライオリティを入れ替えて表示させて
スプライトオーバーが起きた時はチラつくだけにとどめているとは思うけど、
自機キャラとか消えてはいけないキャラクターのプライオリティは優先順位を高くしたまま固定すればいい。
チラついてもさほど影響の出ないスプライトだけを点滅対象に。

多分どれか一色だけ他のキャラの色を拝借しているんだと思う。

自キャラのパレット、赤、青、肌色
他キャラのパレット、緑、白、黒

だったら、他キャラの「黒」だけ拝借してるような感じ。