自分の場合は富士通scan snapで読み込んだ後は
個々の画像ファイルのレベル調整はフォトショのバッチexeファイルにかけています

ページ個別の細かい部分までのゴミ採りはできませんが
全部の画像ファイルに同じ処理をかける程度なら
バッチ処理を待ってるだけで自動で終わります

フォーマット別の保存なんてバッチ処理でできるでしょう？
あなたは手作業でやってるのですか？