由乃と雪輝が三周目世界でひっそりと隠れて暮らすという選択がなかったのはなぜか。

これ、きちんと答えるのけっこう難しくない?

雪輝が二周目世界の崩壊を前提とするプランを道義上論外のものとして拒絶している。
そしてそのことを由乃も理解している。
由乃が自分を刺すのではなく「ユッキー、このまま一緒に逃げよう」と言わなかったのは何故?という話で、
ここで雪輝の考えを否定し二周目世界を見捨てて強引に三周目世界にとどまっても、雪輝との関係はぎこちないものになる。
そんなのサイコ由乃なら乗りこえられるでしょ・・・と言いたいところだが、
この時点の由乃は雪輝からの愛を信じることができたために、以前ほどにはサイコには走れなくなっている。
(まぁ、結局は二周目世界は消滅してしまうのだけれど、それが二周目世界を残そうとした結果だというのが悲劇的)