Folding@Homeで難病解明 Part14【FAH】
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Folding@homeは、タンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(folding)を
シミュレートし解明する分散コンピューティングプロジェクトです。
アルツハイマー、がん、狂牛病、パーキンソン病などはタンパク質の異常なfoldingが
原因と考えられており、foldingを解明することはこれらの疾患の解明につながります。
みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質のfoldingという複雑な問題を解明しましょう。
現在、新型コロナウイルスに対抗するための解析を重点的に行っています。
■前スレ
Folding@Homeで難病解明 Part13【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1592028195/
■当スレッドのチーム
チーム名 ：Team 2ch
チーム番号：162
https://stats.foldingathome.org/team/162
まとめWiki
https://team2ch.net/
■Folding@Home公式
https://foldingathome.org/ ■Folding@Homeの参加方法
1. アプリのダウンロード＆インストール
https://foldingathome.org/start-folding/
OSは、Windows(32bit, 64bit)、Mac(macOS 10.7以降)、Linux(64bit, rpm or deb)に対応。
2. ユーザ登録
https://apps.foldingathome.org/getpasskey
名前とEmailアドレスを登録して、Passkeyを入手する。
・ユーザ登録は必須ではなく、匿名ユーザとして貢献できるが、獲得ポイントは下がる。
名前は https://stats.foldingathome.org/donors で検索して重複しないことを確認。
・名前で使える文字は、英文字、数字、下線(_)である。特に「＃^?|」は不適。日本語も避ける。
3. アプリを開始して名前・チーム番号・Passkeyを登録
チーム番号に162と入力するとチーム2chのメンバーに入れる。
■関連スレ
【Team 2ch】分散コンピューティング総合322【UD→BOINC】
https://matsuri.5ch.net/test/read.cgi/entrance/1596065258/
【BOINC】自作機パワーでがん解析Ver.80【旧UD】
https://egg.2ch.net/test/read.cgi/jisaku/1544857917/ ■TIPS
Q. タスクが落ちてこない
A. passkey登録する 一時停止→開始ボタン
Q. GPUが仕事しない、計算ミスる
A. クロック電圧は余裕をもった設定で
Q. CPU使用率が上がらない
A. 現時点の利用可能論理コア数は32コアです
☆高速CPU/GPUを使っていたら Next Unit Percentageの設定をしておくと良さそう
Advanced Control > Configure > Slots > (Slotを選択) > Edit > Addボタン
name に 「next-unit-percentage」、Valueに90から100の数字を入れる
デフォルトが99で、WUの処理が99%まで進んだら次のWUのダウンロードが始まるという設定。
95とかにすれば、WUの処理が終わったのに次のWUが落ちてきてない、ということを抑制できるはず。
☆標準では1つの課題にCPUの全スレッド-1（Fullの場合）を適宜割り当てて対応するようになっているが
configure→slots→Addを押して出る「CPUs」の所の数値「-1（自動割り当て）」を「1」や「2」にしてOKを押すと
CPUスレッド使用数を限定して課題を処理できる。
同時に、現在はこのスロット数を増やしている方が課題が落ちてきやすい。
（GPU側は詳しい人以外はそのままで）
☆リモートの方法
1、サブPCのAdvanced Control > Configure > Remote Access でPasswordを決める
2、IP Address Restriction に 127.0.0.1 （メインPCのIPv4アドレス）/24を入力（例：https://imgur.com/40YNkiO）
3、メインPCに戻り、Advanced Control > Clients > Add > Address > HostnameにサブPCにのIPv4アドレスを入力
4、アプリ再起動
☆コマンドラインで、FAHClient.exe --helpを実行するとオプションを閲覧できます。 ■Folding@Home公式
・トップ
https://foldingathome.org/
・フォーラム
https://foldingforum.org/index.php
・FAQ
https://foldingathome.org/support/faq/
・ダウンロード/ベータ版
https://download.foldingathome.org/releases/
■ランキング
・全チームランキング
https://stats.foldingathome.org/teams
・Team 2chメンバーランキング
https://apps.foldingathome.org/teamstats/team162.html
・EOC Folding@Home Stats
https://folding.extremeoverclocking.com/
・各GPUの1日獲得ポイント表 GPU PPD Database
https://www.overclock.net/forum/55-overclock-net-folding-home-team/475163-gpu-projects-ppd-database.html
・外部の統計サイト
https://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&;t=162
・Windows版でオプションの入力が何故か半角カナになってしまうときは、マウス右クリックのペーストを使うか、変換入力状態にしてF10で英数に変換する
・WUのDL/ULが失敗し続けて待ち時間が数十分とか数時間とかになっているのに気づいたら、いったんPauseしてFoldし直すと待ち時間をリセットできる
・とはいっても、サーバー側でWUが枯渇したり受け取り口がパンクしていると思われるので、基本的に気長に待つ
・Advanced ControlのFolding Slotsの各スロットを右クリックすれば、スロット単位でFold/Pause/Finishができる 乙、昨日から登録してやってます。少しでも力になれば… >>6
パスキー登録してください
ポイントが増えますよ >>1
たて乙です(*'ω'*)
>>6
らっしゃいのんびりいきましょ( ^^) _旦~~ >>11は要らないが、USBメモリでダメなのはいれといたほうがいいだろう。
見えてる地雷を踏む必要は無い。 すまん。書き込んだときにスレの場所ずれてて>>14を誤爆した。 . .... ..: : :: :: ::: :::::: :::::: * 。＋ ﾟ + ･
.∧ ∧. ＿::::。・._、_ ﾟ ･
(゜∀゜ ;;）(m,_)‐-（<_,` ）-､ * >>15
/ 彡ミ゛ヽ .::::iー-、 .i ﾟ + つまりfah専用機をIYHですね
/ :::/;;: ヽ ヽ.:::| ゝ ,n ＿i ｌ どのEPYCを何個行きますか？
￣￣￣（_,ノ ￣￣ ヽ､_ノ￣￣ E_ ）＿_ノ￣ エアロバイク発電のやつ、数年前はあったけど、何であの路線ってほとんどどこも手を出さないんだろうな 初めまして諸先輩方。
5月初旬からお古の部品で専用PCを作ってFolding@homeを24時間フル稼働で参加している新参者です。
１〜２週間ペースでGTX1650を1台ずつ増やして現在5台でフル稼働しています。
ソロチームでやっていますが、順位が伸び悩んだら2chチームに移籍？しようと思っております。 >>26
ｳｪﾙｺﾈｰ!!!
このスレにはTeam2chに参加してない人だって多いですよ。
何より、トラブル対処なんかの知見が最も多く集まる場所ですからね。
お気軽に居ついてくださいませ。
（そのうち担当の方がお茶など出してくれると思いますｗ）
とても強力な環境を揃えてらっしゃるようでなによりです。
３か月以上も稼働させているとのことで、今更ではありますが、
F@Hで最も重要なことは「継続させること」です。
このスレの存在がモチベを保つ一助となれば幸甚に存じます。 >>26
ようこそチーム2chへ！
ぜひともうちの来てほしいです
自分も1650を１個もっていますが、これはPPD30万で
5台フル稼働なら、理論上PPD150万ですね、すごい
当面、順位の伸び悩みはないと思いますが・・・
チーム2chに参加しても、チーム内の順位は今までのトータルポイントで決まるので
いきなり100番以内ということは十分考えられます F@hのクライアントが起動しなくなった。再インスコしてみたけどダメだった
どうしたら治るん？(´；ω；｀)ｳｯ… 個人データも削除するにチェック入れてアンインスコして再インスコしたら起動しました
お騒がせしますた >>1
新スレ作成に合わせ、まとめWikiに記載されているスレタイとURLを更新しました。 >>27
こちらこそよろしくお願いします。
>>28
ついついやっちまったなぁというかんじですｗ
>>30
そうなんですよね。理論上は150万PPDですが
よく行って145万PPDです。
今後はTFlops/Wの効率の良い1660Tiに入れ替えてみようと模索しています。
現況の画像上げてみます。
https://i.imgur.com/ZbaAxGs.jpg ワットパフォーマンスを求め始めると最上位モデルに目がいくからほどほどにねー コスト考えるとどうしてもガチの最上位は高くつくから1.2段落とした辺りに電力制限入れるのが無難 自分はアフターバーナーで電力７０％でやっております。
６０％にすると瞬間的なOCしかならないので。 2億の大台見えてきた
電気代プラス1万はちと痛いけど
テレワーク続きそうなのでもうちょい頑張る オイラの1650は、17万ぐらいしかPPDでてない。
サボリ癖ついたかww
特定宿題のせいかなぁ13420だと
どうも本気だせてない感じ。
ま、いや丁度暑いし125w前後で、エコな感じだし排熱も少ないし。 >>37
Medium設定なんですね
自分の1650はfull設定でPPD30万くらいです
しかしすげーなー5個動いているなんて
俺はタイミングが良かったのか
ほとんど使っていない1650をヤフオクで12,000円で買いました
送料は1000円くらい追加しますが >>43
1650はfull設定でPPD30万くらいです
17万はおかしいですね
効率の悪い宿題にひっかかっているのかもしれません
anyからcancerに替えてみては？
cancerに変えてもコロナは来ますが、気分転換に 本格的に暑くなりましたね 夜でも暑い
GPU１つだけの稼働だけど、それすら止めたい >>45
そうなんです。
夏バテしたかなww
ちょい前まではたしかに30万前後の数値出てましたが
もうちょい様子見します。
コロナが憎いのでww集中攻撃します >>38
上を見たらキリがないですよねー。
買えるものならT4がワットパフォーマンス最高なんですけどねーｗ
>>44
新品を送料無料で１５ｋくらいで買っています。なかなか値落ちしませんねー
今のマザボが5台までなのでブームが去って格安になったときに購入した
マイニング用のマザボで7枚刺しを目標にしております。
今のところ途切れなく宿題が降りてくれるので
１〜２台1660Tiを買って様子をみようかと思っています。
最上位機種買っても宿題が降りてこないと無駄で怖くて買えません（汗
>>43
自分も5台中1台が13420で18万PPDです。
1台くらいサボってもわからんだろうという声が聞こえてきそうｗ >>49
変わんないんじゃないの？
CPUはコア数減るから変わるけど >>50
ありがとう
45がfullでってわざわざ書いていたので、自分が知らないだけで実はなんか変わるのかなって いつの間にか30Mpt行ってた
電気代以上投資は出来んからコツコツやってくよ ロードバイクとクロスバイクはあるからローラー台と発電機、ギアボックスを何とか出来ればノートPCくらいなら動かせるのかな？
コロナ鍋、長梅雨、アホみたいな気温と続いて自転車乗れてない…
俺の脚力じゃ数時間続けられる出力は100Wがせいぜいだ エアロバイクを1時間本気で漕ぐと、iPhoneがフル充電できるくらいの発電量らしい
PC動くんやろか… 自分の脚力ならどれくらいのマシンを動かせる とかいうスレ立てたら面白そう。
ヘタレな自分は1時間連続はとても無理なので消費電力1桁のａｔｏｍ搭載のノートで
バッテリーの力を借りて休み休みが限界です トータルじゃなく毎秒平均とかが欲しいわね
ワットチェッカー見てるとiPhone充電って5W~10W程度のはず
いつも2時間くらいはかかるから、1時間で終わるなら20W…多く見ても30W…ノートPCならいけるか ケーターパワーボックスのエアロバイク版があれば買うんだけどな
椅子に座ってやるのは流石に厳しい >>55
3000mAhを1時間だと約10W
発電効率にもよるけどかなり辛いと思う >>57
人力飛行機設計のために必死で漕いで計測したら
1馬力（750w）もなくて途方にくれたと言う話があるからこの辺が上限になるかと ここはやはり、アオヒトらの力ではなく
アマテラス様のお力をお借りするしか… ソーラー発電日和だ
発電した分エアコンに回っていくけどｗ FAHが回しているプロジェクトの詳細について
どこかで日本語で説明してくれていないかな？
まとめWikiには見当たらないんだ >>64
下記はどう？ただし内容的に古い部分が残ってる。最新情報は本家サイトだけど、
Chromeブラウザなどの自動翻訳機能を使うことで読みやすくなるかも。
Folding@home
https://ja.wikipedia.org/wiki/Folding@home スレとは関係ないけど、雨水＋太陽光で発電できる時代が来るかもよ。
ttps://emira-t.jp/eq/12457/ >>65
遅レススマソ。詳しいコメントさんくす
本家のサイトも見てみますー！ >>65のWikipediaみました
けっこう詳しく書いてくれてるんだ
つまり、
タンパク質は、バラバラで機能しない状態から
1秒くらいでフォールディング（折りたたみ）する
タンパク質は、「折りたたみ」することで
安定して機能を発揮する立体配座状態（猫でいう
香箱座りみたいなものか）になる、と
タンパク質が、立体配座状態になるまで
きちんと丁寧に折りたたんでくれたらいいが、
途中で折りたたみミスが起こることがある
（ミスホールディング）
ミスホールディング状態のタンパクがあつまると、
色々なこわい疾患を引き起こすことになる
（続く） sage忘れスマソ…（続き）
フォールディングは、原子や分子レベルで起こる現象
だから、通常の実験室の実験では詳細がわからない
そこで、Folding@homeプロジェクトの出番
目星をつけているタンパク質分子の「立体配座」が
どんなもんかは、Rosetta@homeの方で計算済
Folding@homeの方では、Rosettaの結果を元に
タンパク質の「立体配座」状態へのどのように
折りたたまれてゆくかをみんなのマシンを使って
シミュレーションしている
新型コロナウイルスとの関わりについては、
まだWikipediaに説明無いね
Wikipediaの「抗ウイルス薬」ページや、FAHから
飛べる英語の説明みてたら
SARS-CoV-2ウイルスが、自己再生産のために
いくつか特別なタンパク質をもってるから
それらのタンパク質がフォールディング状態（ｽﾃﾝﾊﾞｰｲ
状態）になって、仕事し出すのをなんとか妨害したい
フォールディング妨害をしてくれる薬をなんとか
作れないか、ということだろうね。
「薬」というのは、ウイルスを直接殺したり、
ウイルスに感染した人間側の免疫改造するわけでは
ないのだね。知らなかった
以上、間違っとったらツッコミください…
連投スマソ。 クレイジーな暑さだ
すまん稼働止めた
いずれ復活するけど 無理しないでおくれよ
オーバーヒートでクラッシュなんかしたら目も当てられないからな >>69
悪い奴を直接攻撃するのは細菌に対する対処法としてはセオリー。
直接攻撃したり、攻撃部隊である細胞を助けたりする薬もあるよ。
ウイルスの場合はそうはいかない。
F@Hではご理解いただいた通り、タンパク質の折り畳みの過程を解析している。
そして、それらの成果は製薬・創薬の研究を行う世界中の機関に提供されているよ。
どういった方向で悪い奴をやっつけるor悪さをさせないようにするかは、
創薬研究の範疇。 殺人的な酷暑ですね。
これでは回せない、帰宅しエアコン入れてから一緒に涼みながらのFAH
憎きコロナめ、涼しくなった暁には待ってろよ〜(怒) ボロアパートの自分は別室（2階）からPC（1階）までエアコンの風を引き込み
全力稼働中の5台のGPUは60度。室温は32度。とりあえずなんとか過ごせる。
外はもう35度超えているんじゃないかと思うくらい暑いけど（汗
というか今日は面接に行かねば。暑くて行きたくないｗ 明け方にノートが熱で落ちてた
夜間に落ちるとは思わなかった >>77
面接かぁ、頑張れ
受かればPC部屋にもエアコン付けれるぞ
ｶﾞﾝｶﾞﾚ ↓抗体保有率の調査にも貢献出来るから受けられる人はぜひ
献血ピンチ 自粛で関東甲信越１万人分不足 「オールジャパンで確保を」
https://mainichi.jp/articles/20200812/k00/00m/040/016000c
新型コロナウイルスの感染拡大に伴う外出自粛で、全国的に献血量が不足している。関東甲信越地方では７月時点で目標より約１万人分が足らず、輸血用血液の在庫量に影響が出始めた地域もある。栃木県内は逼迫（ひっぱく）していないが、県赤十字血液センターの担当者は「本来、県民が使う血液は県民が賄う『自給自足』が原則だが、今は未曽有の状況。オールジャパンで血液を確保する必要がある」と協力を呼びかけている。【湯浅聖一】
６日に那須町の南ケ丘牧場駐車場であった献血活動には約７０人が協力し、それぞれ２台の献血バスに分かれて採血した。新型コロナ対策として、関係者のマスク着用や手指の消毒、検温などを徹底。献血後は同牧場のソフトクリーム無料券などが配られた。病気で手術して以来、献血に協力しているという大田原市薄葉の主婦、御代ひろみさん（６９）は「年齢的にも最後の献血。今の健康状態も把握できるのでいい」と笑顔を見せた。
献血活動は、新型コロナの影響による献血者の減少を知った地元の町商工会青年部が、地域との絆を強化する事業の一環として企画した。高久淳一部長（４１）は「血液不足は思ったより深刻な問題。役に立てばうれしい」と話した。
県赤十字血液センターによると、３月ごろから献血者が減少。緊急事態宣言による外出自粛や学校の休校、企業のテレワーク導入などで、献血バスを派遣しても協力者がいなかったり、派遣がキャンセルになったりした。
このため、関東甲信越地方の７月の目標人数（４００ミリリットル献血）である約１０万人分に対し、実際に集まったのは約９万人分と、約１割が不足。感染者が多い東京都や南関東で大きく落ち込んでおり、県内などから分けて補っているのが現状だという。同センターの宮下喜彦・献血推進課主事は「輸血は主に献血で確保している。献血は不要不急の外出ではない。現状を知って多くの人に協力してほしい」と訴えている。 いつものペースで回してるけど3日間全く順位上がらなくなった
なにか対策しなければならないね スレチな話題になっちゃうけど
勘違いする人が出ないように釘を刺しとく
献血はエイズと同様、
検査目的の感染者が来るのを防止する為に
例え仮にコロナ感染してても教えてくれないからねー
あくまで「統計作る」だけの抗原検査ね >>82
過去にコロナに感染して抗体を持っているかを調べる抗体検査
献血で現在感染しているかを調べるPCR検査、抗原検査はやってません >>80,82-83
・献血が激減していてピンチ
・コロナ検査目的で献血するな
この２点が解っていればいいと思う。
医療崩壊というのは、直接的なコロナ対策病床だけの話ではない。
他の疾病や怪我で医療機関のリソースを圧迫しないようにすることも大事。
１０連休丸々ヒキコモリ中だけれど、１日１時間は日光浴びてビタミンD作りまくるぜー 煮干しカリカリ食いながら
日光浴して、牛乳飲んどきゃ完璧ww みんなえれーなー
まだいけるかな、Team2ch
夏季休暇だどもやるびなー 暑いけどペルセウス座流星群を見に行こうと思う。
晴れるといいな。 昨日よりはまだましだが、それでもクーラー必須
うちの低グラボ、79℃と出てメーター振り切れる直前なんだけど >>88
うち85度とかだけど90度オーバーでもへーきへーき 盆は、どこも行かないので、クーラーつけて最大限動かす予定。
PJ13420でしっかり稼ごう。 PCもそうだけど
熱中症で倒れたらシャレにならないからね どこにも行けないから大掃除期間となってしまったｗ
ヨメにPCパーツ捨てられる前に大整理中。
容赦ないわー。ウチのヨメｗ ヨメに自分が捨てられない程度に頑張れ(´・ω・｀) すまん、しばらくここに常駐してたものだが、FAHが仕事用のpython環境（3系）と競合するぽくて一旦停止するわ。
俺の技術力がもう少しあれば並立できたかもしれないが‥
みんなあとは頼む‥ 任された！おいらがバリバリ回すから、その代わりにバリバリ稼いでくれい！
そしておいらにグラボくだちぃｗ あかん、ニューススレに誤爆してもーた(´･ω･`)
NVIDIA、9月1日の特別イベントを予告--「GeForce」新製品の発表か
https://japan.cnet.com/article/35158031/
はやくしろ！
現行品ポチりそうだ。 ■ このスレッドは過去ログ倉庫に格納されています
