VirtualBoxでディスプレイ数を2台に設定し、Gust起動→終了→起動したとき、
2台目のサイズや位置情報が、Gust終了時の状況と違う場合はないですか？
(旧版VB4のときは、こんな症状無かった)

それと、Gust起動時NumLockがはずれるのはどうかならないかな。
VBoxManage setextradata "<machine-name>" GUI/HidLedsSync "0"
とすれば良くなるけど面倒

Ver5.1.10
Host:Win7(64)
Guset:XP,Win10