thatの後ろにはhad happened inが省略されてる

it had been〜の前のthatも省略されてる
このthatを見つければ、the moon'sにthat節が2個かかっているのが分かりやすくなる

蛇足だけど、closetの後ろにもthe moon's approach to Earthが省略されている

At the same time, 副詞句

the moon's approach to Earth that (had happened in) January 主語

was the closest be動詞と形容詞

(that) it had been in 1,400 years. 同格のthat

it=月の接近、
1月の月の接近自体がこの文では過去の話
1400年前〜1月の月の接近のタイミングまでに何度も月は接近しているので過去完了表現になっている
(月は常に動く=月の接近は断続的では無い=現在(過去)完了表現が適当)


同時に、1月に起こった月の地球への接近は、1400年の間に発生したものの中で最も地球に近づいたものだった。