農工大農学部自体は元々帝大農学部の実業科だったわけで東大農学部の血を分けた兄弟校だからね。
知られてないだけで由来は北大や東北とも引けを取らない名門校だと思うよ。
どちらに行くべきかというのは無いけど、研究する上ではどの大学も問題ないね。