シンジに謝罪の気持ちがあるかどうかは今の凪(単行本しか読んでないから正確な今は知らない)には関係ないと思う
凪もシンジの肩書に旨味を感じて付き合ってたことを反省して当時の自分を恥じてるけどそこを謝罪してまた付き合いたいとなるのも違う