fMSXの件自己解決したので、一応書いておきます。
ロム登録の際に、圧縮してしまうと、ロムを叩いて直接起動できなくなるようです。
拡張子はmx1mx2のままで良くて、ゲーム名の下の圧縮のチェックを外せばいいです。
コマンドラインも忘れずに、/bin/retroarch-clover fmsx /usr(以下省略)と入れてください。
既出なら、失礼しました。

それにしても、2.20以降の自動圧縮オプションに足を引っ張られようとは…