出来るか分からんけど、MAMEは sp-s2.sp1 がデフォルトだと思うから
vs-bios.rom、sp-j2.sp1、sp1.jipan.1024、japan-j3.bin のどれかを sp-s2.sp1 にリネームして
sp-s2.sp1(リネームしたヤツ)、000-lo.lo、sfix.sfix、sm1.sm1 の4つを neogeo.zip に固めるか、ゲームROMと一緒に固めてみて。