>「SA-1のMMCでROMの4Mバイト以降にアクセスして吸い出す必要がある」
気にしないで大丈夫です。
exdumperが何をしているのかの解説です。

>マップコレクション刺さってるGNEXTを繋いだSuperUFOpro8→
>exdumper.smc起動→コントローラーAボタン→リセットボタン→　ゲーム　ディスクへ
>書き込み
このやり方でマップコレクション部分がSDカードに書き込みされています。