それバグなの？
進行不能になるわけじゃなくてタイミング悪いと薬草クエこなさないと進めなくなるってだけだろ？
SFCの時もそんな感じだった気がするが

自分は一地域ずつとっとと攻略してっちゃったから疫病は全部終わってから発生して逆に損した気分w