GD-ROMタイトルも試したことないからあれだけど
まずは同じようなドライバやデータが入ってるかを調べるところからかなぁ

>サンプル毎の音量が実機とかなり違ってたのでどうにかしたい。
>エミュでの出力も実機に近いから

プラグイン側の可能性もある気がする