たぶんjpさんサイトの「ＨＤ版風の全国マップ」の話をしているのかな
デフォルトのmapdata.n6pとHD風マップのMapDataHD.n6pではデータの構成は変わりない(グラが差し替えられているだけ)
modの挙動としては、ゲーム立ち上げ時にmapdata.n6pの代わりにMapDataHD.n6pを読み込ませている

なので、MapDataHD.n6p→mapdata.n6pとファイル名を変更するだけで、家紋入れ替えツールで家紋の差し替えはできる
家紋差し替え後にMapDataHD.n6pにファイル名を戻せばいい