すみません、間もなく部長にお孫さんが生まれるのでお祝いを一同で考えていましたが、明確に遠慮されました。
(初孫かつ内孫であり、男の子)

「いや、ありがたいけど本当にそういうのは遠慮するよ。しがらみが出来るしそういう気遣いはさせたくない」と。

また、昨年部長はお母様が亡くなり、そのときは部長自身が喪主で「家族葬なので参列も香典もご遠慮する」という断りがありました。

部下としては、二度も控えたくないという思いであり今度こそ何もしないわけに行きませんがいかがすべきでしょうか？

部長は責任感の強さと人柄の良さでは定評があり、また仕事を「役員に言われたから、やらなきゃいけないからやれ」ではなく
ちゃんとみんなで意義を理解しながらやろう、とか労いを欠かさないので尚更です。