ヘイト作品って、断罪したからとかいうのだけでなく
「皆聞いてください！私このAってキャラってこういうところが問題あると思うんです！原作だとスルーされてて変だと思うんでちゃんと皆が気づいて真面目に扱って直す話を書きました！
私の話の中で私の代理にそれを説教されて、今までの自分は問題だったと改心したので原作よりも立派な人間になってハッピーエンドです！」
みたいな、原作のAに難癖付けてsage、自分の作ったオリキャラAと原作Aを叩いて優位になってる自分をageてるように見えるのも含まれるかもと思う

だから本人が自分で悩んだ後に元々の考えを再確認、くらいだったら、問題点扱いする部分と扱い方によりけりかなあ
特にその問題点が他のファンも納得できる物ならともかく、読んで読者からこの解釈は的外れだと思われた場合はだいぶ反感買うんじゃないだろうか
なので「Aが自分は○○なのでは、と悩みます。この話はAが○○だという前提で書かれています」みたいな、
この二次創作内だけの捏造設定だとも取れるような建前の注意書き作って濁しとくって手もあるよ？

よく有るヘイト創作の大半の趣旨は「原作がスルーしてる問題に文句を言いたい」「原作Aにはこういう問題が有ると主張したい」とかいう原作非難や原作に物申すアピールだけど
捏造二次創作は原作とかけ離れてても「Aと愛し合ってるBが書きたい」みたいな、
公式とは無関係な単に本人が書きたい話であって、原作を否定する意図が無いからそれほど文句は出ない
原作Aもそういう部分があるなと感じてる人もそうじゃない人も、ただのよく有るIF系二次創作としてならあんまり深く考えずに読んでくれるんじゃないかな
「自分ではそんなつもりはないんだけれどヘイトに見えるかも」系の注意文は逆に一番波風立ってしまうからあんまり良くないと思う