・給油量が少なくて、給油判定されなかった。
→20リットル以上もしくは燃料系の半分以上給油していない。

・一回の利用で何度も給油している
→給油ポイントがもらえるのは一度の利用で一回だけ

マイページの利用履歴から、先月の利用明細をCSVでダウンロードすると、
給油割引の適用回数（＝3ポイント付与されるはずの給油）が確認できる。

それを踏まえて付与ポイントに不審点があれば、問い合わせすると調査してもらえるはず。