先ず指定券買う際にみどりの窓口で相談
当日乗車駅で駅員に座席を伝え輪行置場を尋ねる
乗車後は車掌の指示に従い輪行袋を設置

ガラガラのローカル線じゃなければ駅員や車掌を頼るのがベストだろ