>>919
ペダリングについては後回しにしていいと思いますが、そのビンディングはSPD−SLのようなロード専用の完全固定でしょうか？
それともSPDで踵がフリーになるタイプでしょうか？まずはそれで少し違ってきますが
フラペの場合は固定されていないのポジションがおかしくても勝手に楽なようにペダルの不意位置をずらして踏めますが
ビンディングの場合はそうはいきません。強制的に回転を固定させるので
膝裏が痛くな大抵がシートが高くて足伸び切っている可能性があります。
もう一つはビンディングということでペダルを引き上げることを意識し過ぎているということも原因としてありがちですね。
後者の場合は意識で解消できますがサドルの位置については慣れで解消するのはやめたほうがいいですね。
サドルの位置が後ろ過ぎないか高すぎないかをまず確認してみてください。
ビンディングを付けた状態で一番下にペダルがくるときに踵をペダルと水平にして少しだけ膝曲がるようにセッティングしてみるといいです。
原因の解明についてはご自身の体のことですのでなかなか難しいのですがまずは

・ポジション（サドルの位置が無理のない設定になっているのか）
・ビンディングのセッティングがきちんと足にあっているのか（意外と角度が間違っている人が多いので）
・引き足を意識したペダリングになっていないか
・ここはポイントです。踵が上がったままケイデンスだけでペダリングしていないか。
→これはサドルの位置と関係しますが、踵を立てたままケイデンスだけを頼りに入力している人がいます。これは出力にとってデメリットが大きいです。
よくある「爪先が痛い」というやつです。

いろいろありますがもう少し具体的な内容を投稿すると解決は早いと思いますね。

長文失礼しました