自分はAcrobatが添付されてた頃のS1500やIX500しか触ったことないので
HOMEやABBYY FineReader for ScanSnapの実際のUIや搭載機能の状況は知らない
ただ後期IX500や1600などの仕様表を見る限り独立したOCRアプリとして添付されてるように見えた
https://scansnap.fujitsu.com/jp/product/ix500/specification.html

サブセットじゃないABBYY FineReaderの機能には名前を付けて保存のオプションでMRC圧縮のチェック項目がある
あとCZERってメーカーのカメラスキャナのOCRエンジンもABBYYなんだが
こちらもMRC圧縮という名称はないもののそれ相当のPDFが作れる
というかデフォルト設定でそうなってるので
for ScanSnapももしかしたら再保存で強制的に圧縮状態になるかもよ