マジレスすると、欲しい学生をより正確に取るため。
早稲田はわざわざ学部毎に問題を作る。各学部3教科の得点比、難易度、問題量を工夫することで、その学部が欲しい学生を決めている。それにも関わらず他教科で挽回されると各学部の個性が反映されず、正確に判断できなくなる。
だから標準化によって、点数が低ければ低いほど標準化後の点数を下げて、ある教科が苦手な受験生に一定のディスアドバンテイジを設けている。
80点と70点の10点差と60点と50点の10点差に果たして同じ価値があるのか、と考えると受験生も心情的に理解できるかもしれない。