村田さんが知ってたのは、竹宮さんが萩尾さんに嫉妬してライバル意識を勝手に燃やしてたことや、
トーマや小鳥の巣は自分のクロッキーから盗んだのよと言ってたことじゃないのか？
下井草の糾弾や、手紙のことを知ってた訳ではないだろう
単に村田さんの知ってたことと、大泉本の萩尾さん視点で明かされた事情が符合すると納得しただけではないのか？