エガちゃんって、ストーリーの当初の計画段階では、教会の協力関係者である生徒も、
帝国のガルグ＝マク侵攻とかで皆殺しにする計画だったんだけど、
いざ、学生として生活に入り込んでくると、主に、ベレトスやリシテアなどの
交友関係によって、友情を壊すことができない感情に変わっていって、
それでも当初の計画していたものを変えることもできず、
抵抗感や罪悪感を覚えたり感情が揺れるようになってしまった、
そんな心情を、1部のストーリーの流れの中で、描きたかったんでしょ？

それでも、教育とか名ばかりの大司教レアによる宗教に洗脳されたような教会側とは、
マトモに話し合いで平和解決など、今の現代人には｢神なんていない自然現象なんかも科学が正しい｣とか
いわれても、古の時代なんかは｢神の存在を否定するのは死に値する｣など、
マジにあらゆる人間が信じ込んでいた時代もあったわけで、
過去からの帝国側と教会側との因縁からも、話し合いで総合的に平和的に収めるなど
出来るわけがなく、冷戦状態だったエガ教団 VS レア教団との
争いが、激化するしかなくなってしまったとか、そんな感じなんじゃないの？