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第一航空艦隊参謀長の任についていた草鹿龍之介は真珠湾攻撃に反対の立場だった。
そこで大西瀧治郎少将と相談の上、戦艦「長門」にいた山本を訪れて反対論を展開した。

山本は大西と草鹿に「ハワイ奇襲作戦は断行する。両艦隊とも幾多の無理や困難はあろうが、
ハワイ奇襲作戦は是非やるんだという積極的な考えで準備を進めてもらいたい」旨を述べ、
山本ら連合艦隊はミッドウェー作戦で敵機動部隊を誘い出し撃滅することを主目的として説明したが、軍令部はミッドウェー島攻略支援を主目的として示した。
そのため実行部隊に連合艦隊の意図は徹底されなかった。

日本へ帰還後の作戦研究会でも「屍に鞭打つ必要なし」として、大敗北の責任の追及や敗因研究が行われることはなかった。
7月12日、山本以下連合艦隊司令部参謀達（宇垣は参加せず）は料亭で宴会を行い、
着任したばかりの土肥一夫少佐によれば一同何事もなかったかのように陽気であったという。

また、9月初頭と爆撃前日に降り続いた雨により湿気があったためもあり、空襲による森林の延焼は本格的な消火活動が行われる前に自然消火するなど、
空襲による直接的な被害は大きなものではなかったが、アメリカ史上初の敵軍機による本土空襲を受けてアメリカ政府は、
太平洋戦線における日本軍に対する相次ぐアメリカ軍の敗北に意気消沈する国民に対する精神的ダメージを与えないために、
軍民に厳重な報道管制を敷き、この空襲があった事実を極秘扱いにした。