ライトニングは博士がイルミナティのスパイだって確信してたから、博士に危害を加えてライトニングを始末させるようイルミナティに告げ口する方を期待したんじゃないかな
その方が直接イルミナティと接触できるし証拠になるからライトニングは好都合
でも博士はそれをせず騎士団に告げ口したから、今の立場がよっぽど大事という発言になったんだと