ざっとググってみると、この手の話が残ってるな。
やはり、ただの変態じゃないのか。

http://blog.livedoor.jp/mdgw7/archives/14530707.html

で、マリーダさんが非業の死を遂げた――二次創作作品でやったとしても「悪趣味だ」
と言われかねない過程と最期を、いわゆる「公式」の作品で、
しかも先人が作ったキャラクターの妹を相手にやっちゃった――理由について、
福井本人はインタビューを受けるたび「大人のドラマを描くため」とか「戦争の悲惨さを描くため」とか言ってたのですが、
私は「個人としてのアブノーマルな性癖を満たすためやったんじゃないかな？」と思ってるんです。

なぜなら福井は幼い頃に初代ガンダムを見て、
ミハルというヒロインが非業の死を遂げるところを見て興奮してたようなんですよ。

「福井晴敏　ミハル」でツイート検索

以上の検索結果を見てもらえばわかる通り、私以外にも複数の人が言ってることでしょう？　
彼はミハルが戦死するシーンがお気に入りだと自ら言及していたと。
このシーンがきっかけで、女性が酷い目にあった挙句に死んじゃうシチュエーションが好きになり、
そのフェチをこじらせて、とうとう旧作の人気キャラの妹を引っ張り出して殺すのまで行っちゃったのかなぁと。

元々福井は本音を建前で隠すくせがありますからね。
『ガンダムUC』の劇中で、過去のガンダムシリーズに出てきた名言やシチュエーションを引用するのは
「商業的な面で、こうするとターゲット層が喜ぶから云々」と言っていたこともありますが、
一緒に仕事をしたアニメのスタッフからは「福井さんはガンダムシリーズが好きすぎて、
旧作の要素を詰め込んじゃうからバランスを取るため脚本家が削ってる」なんて言われてたり。