その後の作品がコアブースターを選択してるから劇場版から継続してるのは明らかだと思うよ
少なくとも逆シャアでコアブースターが選択されてるんだから富野は劇場版の続きを作ってるんだろう

富野にとってはGメカがガンダム世界に残る事は切歯扼腕の想いとまで言って劇場版で排除に踏み切ってたから劇場版の世界にGメカは存在しないと思う