封印戦争の終結から5年後。
宇宙要塞ルナツーを謎のモビルスーツ軍団が突如強襲。
旧式のモビルスーツにサイコフレームを搭載した敵の猛攻に
連邦軍はなすすべもなく壊滅した。

ルナツーを占拠した軍団は自らを「シャアチルドレン」と名乗り
連邦政府に対しリ・ジオンの建国を宣言。
ルナツーの核パルスが点火され地球へと発進した。

連邦政府は秘密裏に開発していた対サイコフレーム用モビルスーツの投入を決定。
しかし民間施設に偽装していたコロニー内の格納庫が敵の襲撃を受けてしまう。
一方コロニー住む学生ジョーは避難の途中に出会った少女マリリンに導かれ謎のモビルスーツを発見する。

『機動戦士ガンダムMS（ミッシング）』始動！