NTが廃れたのは

NTがいなかった
NTがいなくて強化人間は成功しないのでフォウやロザミア、マシュマー、キャラの悲劇がある
唯一の例外がNTの双子であるプル達
これもNTの受精卵がなければどうしょうもない

でもって戦争がなかったので、
希少なNTが戦争に巻き込まれることもなかった

それだけの話