ジオン側というかスペースノイド自体、宇宙移民の際強制移民させられるうえに、移民費用は自分持ちで、3世代に渡るローンを無理やり組まされてコロニーではコロニーの保守点検作業や地球連邦の重税に見舞われてほぼ奴隷みたいな生活を強制されてたからな。
その一方連邦側は、高官クラスだけでなく、特権階級、その他身の回りの世話をする人とかいう理由で、何億人も残ったまま。
ジオンのほうが虐げられる人たちに対して親和性があるのは自然なところがある。

ギレンやキシリアとかその他一部高官が非人道的作戦展開するだけでジオン側は割とまともな人が多かっただけの話。