ウチのエリア（東京23区）の欠品対応はこんな感じ。

ヨーカドー（2店舗）　電話で欠品連絡。電話に出ないとメールで連絡。代替品の提案されたこと無し。
西友　配達時に欠品がありまして…という。去年は代替を持ってきてこれでいいかその場で聞かれた。今年は欠品なのでキャンセルとしか言わない。
イオン　間1日挟むからか欠品があったことはない。
楽天マート　間1日挟むからか欠品があったことはない。