ファイルの除外を設定する時に参照でやると

C:\Windows\System32\*

このようにフォルダ単位でしか指定できないけど
アスタリスクのところを例えばnotepad.exeなどのアプリにして

C:\Windows\System32\notepad.exe

このようにすればファイル単位で指定できるのかな？

*notepad.exeでもファイル単位にはなってるけど
違う場所に同名のファイルがあるとそれも除外してしまうし
その同名ファイルがウイルスだと非常にまずい