「MBAE」がペイロードの実行防止を目的とするのに対し、「EMET」は脆弱性対策技術を追加で施してエクスプロイトをより困難にする点が異なると言えるだろう。
「MBAE」は防御対象となるアプリケーションがプリセットされており、追加や削除、細かい設定の変更などが一切できないのに対し、「EMET」はより柔軟に運用できる反面、比較的高度なセキュリティ知識を要求される点も異なる。