話の流れ。
現代日本に生まれた創世のエルの主人公（1と2のラスボス）は不幸な世界の現実に絶望し理想の世界を創りたいと考える。その時適格者の代理を探していた当時のエル（1の女神）が、惑星スー（創世のエルの舞台）を救って英雄になる事が出来れば代理人に任命すると主人公に話を持ちかける。
ユマを倒し、約束通り惑星スーを救った主人公は神の力を引き継ぎ代理人として使命を全う、、と思いきや、代理ではなく本当の神となりたかった主人公は女神を裏切り殺そうとするも、適格者である赤子（1と2の主人公）に阻止され逃げられる。ここまでが創世のエル。

神の力を手にいれた主人公は自分の生まれた惑星の地球の文明を滅ぼし、惑星名をレガイアと改め人々が生きる希望を永遠に持ち続ける為に100年に一度蘇る魔王を勇者と天使が打ち倒す歴史を造る。
ただ、真の適格者を倒さなければ本当の神にはなれないため彼が惑星レガイアに転生するのを待っていた。その間にまたまた見つけた疫病蔓延る惑星ホルスにまだ覚醒してない適格者がいる事を直感で感じ取り、ミストラとしてホルスに転生し適格者にちょっかいを出し覚醒を促す。
遂に覚醒した適格者と対決するが敗れミカエルと共にレガイアに撤退。適格者は月を爆破し死亡。そして遂にレガイアに転生しヴェインに拾われる。
ここまでが新約ラストバイブル2

レガイアに転生した適格者と代理の神の座を賭した戦いで、適格者が勝ち神となる。
魔獣は消え、人類の本当の歴史はここから始まる。
これが新約ラストバイブル1

長くなったけどこれであってるはず。