自己レスです。
前にVirtual BoxのWindows 98でTK3が動かないと書き込んだのですが、
ふと思い立ってもう一度Windows 98のインストールからやり直してみたら動作しました。
（Mac OS X 10.9.5でVirtual Box 4.3.24を使用）
動かないとか書いて、Oracleさん他ごめんなさい、前は何が悪かったかは不明(´･ω･`)

ゲームのCDを入れてもプロテクト情報を読んでくれないので、Qemuの場合と同様に
ゲームCDからbin/cueのイメージを作って、それをVirtual BoxのWindows 98に
deamon toolsでマウントする必要があります。
Qemuと比較すると、Windows 98そのものの動作はQemuの方がさくさく動きますが、
TK3を動かしてみると、QemuでもVirtual Boxでもあまりかわらない感じでした。
ただ、Virtual Boxでは基地の航空機部隊情報のウインドウを表示させたまま、
地図をずずずーーーーっとスクロールするとTK3が落ちてしまうことがあるようです。
閉じれば問題ないです。
マウスじゃなくてトラックパッドで使ってるのですが、「タップ」に対する反応がQemuでの
方はVirtual Boxでの場合よりも鈍いようです。もちろん「クリック」すれば問題ないです。
3本指ドラッグも両方とも大丈夫でした。

Windows 98の待機状態では何ともないのですが、TK3を動作させると、両方の場合とも
待機状態でもCPUを1コア分常時まるまる消費してしまうようです。
これでも構わないのですが、ノートのファンが回りだすので、土台のMac OS Xにcpulimitを
入れて、エミュレータのCPU最大消費量に制限をかけるといいようです。
少しくらい制限してもゲームは問題なく使えました。

Virtual Box上でのTK3の動作状態スナップ
http://www.dotup.org/uploda/www.dotup.org374821.png