開眼した目を長門にあげたからじゃないか？
それで自分が死んでも長門に輪廻転生の術で蘇らせてもらうつもりだった
マダラの目的は十尾の人柱力になり輪廻眼で無限月読をすることだったけど穢土転生体じゃ十尾の人柱力になれなかったから輪廻転生にこだわったわけで
長門に目をあげた代わりに別の写輪眼を入れてたから穢土転されたときも輪廻転生されたときも写輪眼だったのかと

あと輪廻眼開眼の条件は
インドラの転生者にアシュラのチャクラが加わること
インドラの転生者が永遠の万華鏡写輪眼になってること
死への恐怖や怒りや悲しみを強く感じること
らしいからそうそう量産できないんじゃないかな特に三番目の理由で