java土方ってなんでこんなに考えないんだろ
探しにくいとか石器時代のIDE使ってんのかな

規則性を持たせて管理しやすくするって発想まではいいけど
フォルダ構造と完全一致させるのが最高ってのは単なる思い込みでしかない

例えばpublic apiか内部api、テスト用のコードでルートを分けてその下は名前空間とフォルダを合わせるとか
src/main/Path/To/File1.cs (public Project.Path.To.File1)
src/internal/Path/To/File2.cs (internal Project.Path.To.File2)
src/test/Path/To/FileTest.cs (internal Project.Path.To.FileTest)

名前空間は異っても関連する一連のファイルを1フォルダにまとめてしまったほうが見やすい場合もある
src/foo/FooForm.cs (Project.Presentation.Foo.FooForm)
src/foo/FooViewModel.cs (Project.Presentation.Foo.FooViewModel)
src/foo/FooModel.cs (Project.Application.Foo.FooModel)
src/foo/FooRepository.cs (Project.Database.Foo.FooDataAccessObject)
src/foo/Foo.cs (Project.Domain.Entity.Foo.FooEntity)
src/foo/FooLine.cs (Project.Domain.Entity.Foo.FooLineEntity)

コード生成された部分クラスを隔離したりもできる
src/generated/hoge/Hoge.cs (partial Project.Domain.ValueObject.Hoge.Hoge)

なによりも最大の問題は与えられたもので思考停止して創意工夫しなくなるところだな
思考停止すると企業ドメインと一致させた無意味でクソ深いフォルダ構造とかに疑問を持てなくなる
これがやばい