ソフトウェアなら入金基準でも問題ないはず
もちろん現金主義とは関係ないから青色申告特別控除65万は受けられる
売上を納品基準にするというのは元々物販から来ている
現物を渡したんだからそこで仕訳起こさないとおかしくなるわけさ
ソフトウェアの場合はコピーを渡してるだけだからな

一次受けでエンドユーザーにハードウェアと一緒に納品している場合はまずいが
下請でソフトウェアしか納品しないのであれば入金基準でも大丈夫だよ