モーターの一辺が42(公差最大+0.3)mmなのでフレームとリードスクリューの中心との距離は21mm〜21.5mm位になると思います。
Ｚスクリューのナットを止めるＥモーターブラケットは前後に1.5mm程度の調整幅があるのでそこで基本調整を行います。
https://github.com/Creality3DPrinting/Ender-3/blob/master/Ender-3%20Mechanical/PDF/E%20motor%20bracket.pdf
あと微調整ですが以下のZモーターブラケットはモーター固定の穴がM3ネジに対して3.5mmあるのでモーター固定でも前後左右に対して
0.5mmぐらいの調整が効くはず。
https://github.com/Creality3DPrinting/Ender-3/blob/master/Ender-3%20Mechanical/PDF/Z%20motor%20bracket.pdf
これらを使ってうまく調整してもＺスクリューが完全に真っ直ぐとは限らないので上端で多少のフレはあるかもしれません。