自己解決しました？

http://faq.pfu.jp/faq/show/442
Q　TWAINやISIS?で使用できますか？
A　ScanSnapは、TWAINやISIS?に対応していません。
専用アプリケーションのScanSnap Managerが必要です。
一般のアプリケーションから読み込みできません（アプリケーションからスキャナを選択することはできません）が、
ScanSnap Folderを利用することで、読み取ったイメージデータを直接アプリケーションへアップロードできます。